León es fundación romana. Aquí a la orilla del Bernesga alzó su campamento la Legio VII Gémina propiciando el desarrollo de una ciudad: Legio. Tomada por los árabes, fue ulteriormente reconquistada y muy relevante su influencia en el mundo altomedieval. Cayetano Luca de Tena, acertadamente dijo de su Panteón. "Aquí duerme toda la historia del medievo". A ello contribuyó decisivamente el hecho de situarse en la más importante ruta de peregrinación, por la que circularon hombres e ideas. En definitiva religión, cultura y comercio.
La indudable atracción medieval por la veneración de las reliquias de santos insignes la convirtieron en templo de peregrinación de primer orden dentro de esta ruta.
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En origen, aquí hubo un templo prerrománico que erigió Alfonso V "El Noble" en la primera mitad del S X en honor a los santos Juan Bautista y Pelayo. Desde el inicio fue Panteón Real. Como tantos otros templos de la cristiandad, fue arrasado por Almanzor en 988 y reconstruido en 1063 por Fernando I "El Magno" (1037-1065. Primer rey de Castilla y León.) y su esposa Doña Sancha. Más tarde se amplió su edificación por la hija de ambos, doña Urraca y el hijo de ésta, Alfonso VI hasta lograr prácticamente su actual morfología.
Una serie de reformas (como en tantos otros sitios -Jaca, por ejemplo-) en nombre de la modernidad o del reducido espacio para la liturgia fue causa de la desaparición de su ábside central que fue sustituido en el XVI por otro de mayor envergadura en estilo gótico flamenco edificado por Juan de Badajoz "El Viejo". También hay trazas renacentistas en su fachada norte: sobre la portada del Cordero campea San Isidoro a caballo sobre una decoración renacentista del XVI.
Pero a pesar de todo, el edificio románico se nos muestra con rotunda claridad. En buena parte se debe a que la espléndida Catedral de León no fuera edificada sobre este templo, como ocurrió por ejemplo en la ciudad de Palencia.
En lo formal, el templo se halla orientado. Es de triple nave rematadas a levante por otros tantos ábsides. Posee una nave crucero que sobresale en planta dándole forma de cruz latina. Cronológicamente lo más antiguo es el Panteón Real, resto del primitivo templo de San Juan Bautista, que quedó a modo de soberbio atrio con la función de albergar los restos de los monarcas del reino. Los ábsides son de final del XI así como el arranque de los muros del templo. Su mayor parte edificada corresponde a mediado el XII, ya románico pleno e influenciado por las formas que se extienden por el Camino. Las bóvedas de la nave muestran influjo cisterciense (último tercio del XII).
Abren sus portadas al sur, permitiendo la existencia de un amplio espacio ante él disfrutar de una buena vista de conjunto (Imágenes 1 y 2). Así podemos apreciar las naves central y sur, más alta aquella, con sus hiladas de ventanales al modo jaqués. Por delante el frontal sur de la nave crucero, en el que abre la puerta del Perdón y sobre la que el ventanal que ilumina el interior se flaquea por otros dos ciegos constituyendo un conjunto de tres arquillos apeados en tres pares de capiteles y columnas que aportan a esta fachada una ornamentación más propia de la decoración del hastial de poniente que la del crucero (Imagen 5). No en vano, la puerta de esta fachada en la empleada por los peregrinos para acceder al templo durante el periodo de cada Año Santo.
De su cabecera, el único ábside visible al exterior es el del lado sur, al igual que ocurre en Jaca, templo con el que guarda notable parecido en estilo y circunstancias. Se halla segmentado en dos por una columna contrafuerte que desde un apeo cilíndrico adosado al podio se eleva hasta la cornisa a la que contribuye a sustentar por medio de capitel. La articulación con el transepto se señala por una breve lesena marginal (Imágenes 3 y 4). Cada uno de los dos segmentos absidales se centra por medio de ventanal. El sur, cegado es meramente decorativo. Ambos constan de una arquivolta sencilla apeada en capitel columna y basa. Por fuera guardapolvo con ajedrezado jaqués, al igual que hay en la moldura que corre bajo los ventanales absidales y en el borde libre de la cornisa. Una segunda moldura, ornada con palmetas corre a nivel de los ábacos de sus capiteles.
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Las imágenes 6 y 8, muestran los capiteles del ventanal central, que siguen el estilo del románico pleno. en el de la izquierda, un ciervo acosado por un monstruo y en el de la derecha entrelazos rematados en palmetas que surgen de las fauces de un león, repitiendo el modelo en su ábaco y los dos a su vez (cómo no) el modelo jaqués en similar ubicación. la nave transepto, dada su longitud, recibe un ventanal del mismo estilo, a la izquierda del cilindro absidal descrito. Otro más abrirá en su fachada oeste. Todos ellos conservan su reja de hierro forjado original.
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