Pertenece a la época visigóticas s,VII. Luego se desvanece durante la ocupación musulmana en s.X, llamado aún S.Sebastian de Silos y durante el gobierno de Fernan González (930-970). Vuelve a resurgir la comunidad monástica, alcanzando una pujante actividad y vuelve a caer bajo las razias de Almanzor. Desapareciendo este en 1002.
El monasterio se encuentra arruinado y maltrecho, cuando en 1041 Domingo prior del monasterio de S. Millan de la Cogolla se refugia en castilla, huyendo del rey de Navarra es bien recibido por el monarca castellano Fernando I, y bajo su auspicio restablecerá y dará el antiguo esplendor, y dar nuevo auge al Monasterio de Silo, puesto bajo la advocación de S. Sebastian, con el decidido pulso de S. Domingo como abad del cenobio.
Se erigió la iglesia románica de tres naves y cinco ábsides. A la muerte del Santo, el monasterio toma su patrocinio y pasa a denornarse S. Domigo de Silos
El monasterio se encuentra arruinado y maltrecho, cuando en 1041 Domingo prior del monasterio de S. Millan de la Cogolla se refugia en castilla, huyendo del rey de Navarra es bien recibido por el monarca castellano Fernando I, y bajo su auspicio restablecerá y dará el antiguo esplendor, y dar nuevo auge al Monasterio de Silo, puesto bajo la advocación de S. Sebastian, con el decidido pulso de S. Domingo como abad del cenobio.
Se erigió la iglesia románica de tres naves y cinco ábsides. A la muerte del Santo, el monasterio toma su patrocinio y pasa a denornarse S. Domigo de Silos